Dividido em grandes salas, os objetos são expostos de forma atrativa, como na sala dos tubarões, dos lobos-marinhos, das tartarugas, dos peixes e das conchas e areias do litoral brasileiro. O museu conta ainda com algumas curiosidades, como a maior lula gigante taxidermizada. Além disso, o local abriga o esqueleto de uma baleia, o maior exemplar da espécie exposto no mundo. Para a assessora Mônica Doll Costa, a ossada é o xodó do local, pois ela marcou a história do museu: "Em 1942 nós recebemos a baleia que hoje está exposta e é o carro chefe do museu, e surge assim o Museu de Pesca".
A sala da história da pesca também chama a atenção. Artigos e elementos representam as diversas formas desta prática esportiva. Tudo buscando trazer aos visitantes a questão da conscientização ambiental.
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