O rio Cuiabá registrou uma redução de até 70% no número de peixes, segundo a Federação de Pescadores do Estado de Mato Grosso. A Federação, assim como o Conselho de Pesca do Estado - Cepesca, acredita que o fato deve ser de um "combinado" de problemas que estaria agravando a situação.
Um dos problemas apontados seria a construção de pequenas usinas hidrelétricas, além de esgotos lançados sem tratamento ao longo do leito, pesca predatória, alto nível da água e a destruição das matas ciliares. Somente no período da piracema, a Polícia Militar Ambiental apreendeu mais de sete toneladas de pescado irregular.
Relatórios produzidos pela Secretaria de Estado de Meio Ambiente - Sema, apontam que a qualidade da água do rio Cuiabá está piorando a cada ano e um dos fatores seria a falta de saneamento básico.